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PCR反應(yīng)的特點是具有較大擴(kuò)增能力與*的靈敏性，但令人頭痛的問題是易污染，極其微量的污染即可造成假陽性的產(chǎn)生。

一、標(biāo)本交叉污染源：

收集標(biāo)本的容器：標(biāo)本放置時，由于密封不嚴(yán)溢于容器外，或容器外粘有標(biāo)本而造成相互間交叉污染；

吸樣槍：標(biāo)本核酸模板在提取過程中，由于污染導(dǎo)致標(biāo)本間污染；

氣溶膠：zui可能造成PCR產(chǎn)物污染的形式。在空氣與液體面摩擦?xí)r就可形成氣溶膠，在操作時比較劇烈地?fù)u動反應(yīng)管，開蓋時、吸樣時及污染進(jìn)樣槍的反復(fù)吸樣都可形成氣溶膠而污染。據(jù)計算一個氣溶膠顆?？珊?8000拷貝，因而由其造成的污染是一個值得特別重視的問題。

二、PCR試劑污染源：

由于在PCR試劑配制過程中，由加樣槍、容器、雙蒸水及其它溶液等污染而導(dǎo)致的PCR試劑污染。

三、PCR擴(kuò)增產(chǎn)物污染源：

PCR反應(yīng)中zui主要zui常見的污染源。由于PCR產(chǎn)物拷貝量大，遠(yuǎn)遠(yuǎn)高于PCR檢測數(shù)個拷貝的極限，所以極微量的PCR產(chǎn)物污染，就可造成假陽性。

四、克隆質(zhì)粒污染源：

克隆質(zhì)粒在單位容積內(nèi)含量相當(dāng)高，活細(xì)胞內(nèi)的質(zhì)粒，由于活細(xì)胞的生長繁殖的簡便性及具有很強(qiáng)的生命力。故在分子生物學(xué)實驗室及某些用克隆質(zhì)粒做陽性對照的檢驗室污克隆質(zhì)粒污染能性也很大。